這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

看起來有點“娘”的男生藺文佳，在COSPLAY時無意間竟然召喚出了妖狐妲己，妲己經常不聽話還喜歡調戲藺文佳，非常看不起主人懦弱的娘炮性格。與此同時藺文佳還遭到了同校學姐的追殺，原來這一切都是因為他體內蘊藏著遠古神秘一族的“遺骨”，具有最純正的具現師的血統，可以通過cos具現出任何逝去的英魂使之出現在這個時空并可以將其變成卡片，可以無限制的具現逝去的英魂戰姬。

這個世界上有著許多從遠古流傳下來的“裂縫”，這些裂縫是人界與靈界之間的通道。普通的人類并不具備看到或通過裂縫的能力，但裂縫那邊的精靈可以。 于是在幾百年前，為了保持兩界平衡，人界出現了一個叫裂縫管理者的家族，他們的任務就是封印裂縫、驅逐精靈。