明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

英雄好漢，傳奇故事

佛族的三藏法師因為與女兒國國王約會而受到佛族與神族的誅殺，他的弟子齊天、天蓬、悟凈為了保護師父，不惜與諸神開戰！在混戰中因齊天與二郎神斗法發生大爆炸打碎了太虛幻境的中樞“通靈寶玉”引發太虛幻境的崩塌。唐僧的三名徒弟醒來后發現自己居然被炸到了21世紀的現代社會，三人失去神力。為了生存他們只好一邊打工賺錢一邊尋找回去的方法……