一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

甲級戰犯死死惡重現于世，打破了本就虛偽又脆弱的和平。為了保全利益，蟲重勢力與其大打出手，揭開了大戰的帷幕，而引起這場戰爭的，卻是一個因身負詛咒才來到此地，勉強擦邊才通過了入學考核不久的姚命同學。殊不知，他進入的，是一所被卷入漩渦中心，且被世人憧憬又忌憚的毀滅之地。它，被稱之為—黑幫大學。

2516地球環境惡化，人類將月球改造成了一個理想國度“龜塔”。 然而只有最優秀的人才有移民權。同時因龜塔不斷脫落細胞（破壞力極強的怪物“蜉蝣”），使地球生存環境更加惡劣。為了盡快離開地球，移民新世界，窮逼少年杜凜和伙伴們加入了機甲隊，靠擊殺蜉蝣獲取移民分，不想蜉蝣愈殺愈強，杜凜幾經危險，就在生死未卜之時，一個神秘蘿莉出現在了他的生命里，杜凜獲得了巔覆整個戰局的力量。

看起來有點“娘”的男生藺文佳，在COSPLAY時無意間竟然召喚出了妖狐妲己，妲己經常不聽話還喜歡調戲藺文佳，非常看不起主人懦弱的娘炮性格。與此同時藺文佳還遭到了同校學姐的追殺，原來這一切都是因為他體內蘊藏著遠古神秘一族的“遺骨”，具有最純正的具現師的血統，可以通過cos具現出任何逝去的英魂使之出現在這個時空并可以將其變成卡片，可以無限制的具現逝去的英魂戰姬。