林淵，前世作為頂尖暗殺者卻慘遭組織背叛殺害，穿越成為了一名平凡高中生，連契約都是最弱的E級【蜥蜴獸魂】，好在上天垂憐，意外綁定了【怪獸進化升級】系統，不僅能夠對獸魂進行升級，還可以通過戰斗獲得寶箱。于是重來一世的男主拳打怪獸，腳踩惡魔，手撕古神，鎮壓異界，這一世，他發誓，要站在世界的巔峰！

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

千年蛇妖趁封印變弱逃了出來后被老板所救，機緣巧合下遇見了前往陽界收回冥魂的判官大人崔鈺。

在人類快速的發展下，人類和妖怪之間的平衡被打破。隨著環境的破壞，妖怪也不得不背井離鄉生活在人類城市。然而妖怪卻沒有屬于自己的法律保障和社會權力，這是一個人類為妖怪構建的反烏托邦！那么妖怪們究竟要如何擺脫這悲慘的命運呢？